水質在線自動監測系統是一套以在線自動分析儀器為核心，運用現代傳感器技術、自動測量技術，自動控制技術、計算機應用技術以及相關的專用分析軟件和通訊網絡所組成的一個綜合性的在線自動監測體系。
一套完整的水質自動監測系統能連續、及時、準確地監測目標水域的水質及其變化狀況；中心控制室可隨時取得各子站的實時監測數據，統計、處理監測數據，可打印輸出日、周、月、季、年平均數據以及日、周、月、季、年最大值、最小值等各種監測、統計報告及圖表（棒狀圖、曲線圖、多軌跡圖、對比圖等），并可輸入中心數據庫或上網。收集并可長期存儲指定的監測數據及各種運行資料、環境資料備檢索。系統具有監測項目超標及子站狀態信號顯示、報警功能；自動運行，停電保護、來電自動恢復功能；維護檢修狀態測試，便于例行維修和應急故障處理等功能。
實施水質自動監測，可以實現水質的實時連續監測和遠程監控，達到及時掌握主要流域重點斷面水體的水質狀況、預警預報重大或流域性水質污染事故、解決跨行政區域的水污染事故糾紛、監督總量控制制度落實情況、排放達標情況等目的。
在水質自動監測系統網絡中，中心站通過衛星、電話撥號、GPRS以及CDMA通訊方式實現對各子站的實時監視、遠程控制及數據傳輸功能，從目前通訊技術的發展采用GPRS及更為先進的第三代無線通訊技術是今后主流的發展方向。
每個子站是一個獨立完整的水質自動監測系統，一般由6個子系統構成，包括：采樣系統、預處理系統、監測儀器系統、PLC控制系統、數據采集、處理與傳輸子系統及遠程數據管理中心、監測站房或監測小屋。
